PAULO DE PAIVA ROSA AMARAL
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Livro RNA, the Epicenter of Genetic Information(2023) Mattick, John; PAULO DE PAIVA ROSA AMARALThe origin story and emergence of molecular biology is muddled. The early triumphs in bacterial genetics and the complexity of animal and plant genomes complicate an intricate history. This book documents the many advances, as well as the prejudices and founder fallacies. It highlights the premature relegation of RNA to simply an intermediate between gene and protein, the underestimation of the amount of information required to program the development of multicellular organisms, and the dawning realization that RNA is the cornerstone of cell biology, development, brain function and probably evolution itself. Key personalities, their hubris as well as prescient predictions are richly illustrated with quotes, archival material, photographs, diagrams and references to bring the people, ideas and discoveries to life, from the conceptual cradles of molecular biology to the current revolution in the understanding of genetic information. FONTE: https://www.taylorfrancis.com/books/oa-mono/10.1201/9781003109242/rna-epicenter-genetic-information-john-mattick-paulo-amaralArtigo Científico Long non-coding RNAs associated with infection and vaccine-induced immunity(2021) Lüscher-Dias, Thomaz; Conceição, Izabela Mamede; Schuch, Viviane; Maracaja-Coutinho, Vinicius; PAULO DE PAIVA ROSA AMARALArtigo Científico The evolution of knowledge on genes associated with human diseases(2022) Lüscher-Dias, Thomaz; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; PAULO DE PAIVA ROSA AMARAL; Alves, Tiago Lubiana; Schuch, Viviane; Franco, Glória Regina; Nakaya, Helder I.- Desenvolvimento de câmara de teste de resistência mecânica e durabilidade de palmilhas ortopédicas(2023) Moraes, Felipe JunqueiraEste projeto atende à necessidade crítica de uma metodologia robusta e precisa para avaliar e aprimorar palmilhas ortopédicas no contexto da Associação de Assistência à Criança Deficiente (AACD), instituição dedicada a melhorar a vida de pessoas com deficiência física e problemas ortopédicos. A AACD é reconhecida há muito tempo pelo seu compromisso inabalável com a reabilitação e a inclusão, mas enfrenta desafios contínuos na avaliação e melhoria de palmilhas ortopédicas, dispositivos essenciais para a mobilidade e o conforto dos pacientes. Este projeto de pesquisa introduziu um mecanismo de teste modular e inovador que visa replicar a forma anatômica do pé em condições estáticas e de caminhada, com um sistema de pistão pneumático sem o foco no desenvolvimento métrico para avaliar o desgaste. As capacidades do sistema foram avaliadas através de testes de compressão, análises de baropodômetros e simulações estáticas/dinâmicas, indicando desgastes consistentes nas palmilhas à pressão e degradação, que correspondem à região do calcanhar e do metatarso. Embora o sistema de testes desenvolvido tenha se mostrado promissor na avaliação de palmilhas ortopédicas, é imperativo um refinamento adicional no desenvolvimento de métricas para garantir uma avaliação abrangente de desgaste das palmilhas e desempenho do sistema. Este estudo fornece uma estrutura fundamental para futuras investigações sobre o desenvolvimento de métricas precisas para avaliar o desgaste, contribuindo assim para melhorar a qualidade e a durabilidade das palmilhas ortopédicas e, em última análise, melhorar a vida dos pacientes.
Trabalho de Conclusão de Curso Augmented reality system as an auxiliary method in oncological neurosurgery based on an anatomical model(2022) Freitas, Ana Clara Carneiro de; Silva, Beatriz Muniz de Castro e; Bernardino, Beatriz Rianho; Boriero, Gabriela Moreno- The status of the human gene catalogue(2023) PAULO DE PAIVA ROSA AMARAL; Carbonell-Sala, Silvia; De La Vega, Francisco M.; Faial, Tiago; Frankish, Adam; Gingeras, Thomas; Guigo, Roderic; Harrow, Jennifer L.; Hatzigeorgiou, Artemis G.; Johnson, Rory; Murphy, Terence D.; Pertea, Mihaela; Pruitt, Kim D.; Pujar, Shashikant; Takahashi, Hazuki; Ulitsky, Igor; Varabyou, Ales; Wells, Christine A.; Yandell, Mark; Carninci, Piero; Salzberg, Steven L.Scientists have been trying to identify every gene in the human genome since the initial draft was published in 2001. In the years since, much progress has been made in identifying protein-coding genes, currently estimated to number fewer than 20,000, with an ever-expanding number of distinct protein-coding isoforms. Here we review the status of the human gene catalogue and the efforts to complete it in recent years. Beside the ongoing annotation of protein-coding genes, their isoforms and pseudogenes, the invention of high-throughput RNA sequencing and other technological breakthroughs have led to a rapid growth in the number of reported non-coding RNA genes. For most of these non-coding RNAs, the functional relevance is currently unclear; we look at recent advances that offer paths forward to identifying their functions and towards eventually completing the human gene catalogue. Finally, we examine the need for a universal annotation standard that includes all medically significant genes and maintains their relationships with different reference genomes for the use of the human gene catalogue in clinical settings.
Relatório de Iniciação Tecnológica Biomimética e o desenvolvimento de estruturas mecatrônicas: sistema dinâmico de controle de luminosidade inspirado em íris ocular(2023) Ogawa, Alessandra Yumi CarvalhoBiomimética é uma área da ciência e engenharia dedicada ao estudo da natureza como inspiração para soluções de problemas humanos. Há anos os estudiosos deste ramo têm encontrado soluções estruturais, organizacionais e processuais para dilemas e desafios dentro da engenharia. Muito populares são as soluções aerodinâmicas, formatos e design de meios de transporte que imitam animais que se locomovem eficientemente, e de materiais, polímeros biodegradáveis e materiais biofílicos. Iluminação natural e seus benefícios são áreas de crescente interesse, mas poucas são as soluções biomiméticas e biofílicas para o controle da entrada de luz em ambientes em que sua abundância se torna incômoda. O presente projeto visa explorar como formas e processos presentes no mundo animal e vegetal podem apresentar uma solução para a administração dinâmica e confortável da entrada de luz natural em um ambiente. Com um design biomimético similar ao da íris e pupila ocular, o dispositivo mecatrônico aqui proposto pode ser aplicado para controle de luz em áreas internas e externas, promovendo uma interação homem-natureza saudável e biofílica. Esta pesquisa propõe e descreve o funcionamento de um sistema dinâmico de controle de luminosidade inspirado em formatos biológicos com o propósito principal de oferecer ao usuário uma experiência fotônica confortável.Artigo Científico RNA modifications detection by comparative Nanopore direct RNA sequencing(2021) Leger, Adrien; PAULO DE PAIVA ROSA AMARAL; Pandolfini, Luca; Capitanchik, Charlotte; Capraro, Federica; Miano, Valentina; Migliori, Valentina; Toolan-Kerr, Patrick; Sideri, Theodora; Enright, Anton J.; Tzelepis, Konstantinos; Werven, Folkert J. van; Luscombe, Nicholas M.; Barbieri, Isaia; Ule, Jernej; Fitzgerald, Tomas; Birney, Ewan; Leonardi, Tommaso; Kouzarides, Tony